DANDELION объединил анализ генетических связей с проверкой кандидатов в CRISPR-экспериментах и на мышах
Учёные Колумбийского университета и Чикагского университета разработали вычислительный метод DANDELION для поиска генов, которые непосредственно участвуют в развитии сложных заболеваний. В исследовании астмы, опубликованном в журнале Cell, метод выделил 21 связанный с заболеванием ген, большинство из которых прежние подходы не выявляли.
Геномные исследования ассоциаций находят варианты ДНК, статистически связанные с риском болезни, но такая связь не показывает, какой именно ген вызывает изменения. DANDELION анализирует регуляторные связи между генами и пытается определить центральные узлы, через которые вариант ДНК может влиять на другие гены.
Кандидатов проверили с помощью CRISPR-скрининга (массовой проверки влияния генов на клеточные признаки) и экспериментов на мышах. Эти испытания подтвердили связанные с астмой клеточные и физиологические признаки. 2 гена оказались связаны с общим путём, включающим обмен жирных кислот и белковое пальмитирование (присоединение жирной кислоты к белку). Ранее этот путь при астме не изучали.
«Современные генетические методы часто находят сотни изменений ДНК, связанных с риском заболевания, но определить, какие гены действительно вызывают болезнь, бывает трудно», — отметила Чжунхуа Лю (Zhonghua Liu), доцент Колумбийского университета. Авторы рассматривают выявленный путь как возможную основу для будущего поиска мишеней терапии, однако клинического лечения на основе этой работы пока нет.